Realmente se trata de organismos procariotas, y no de algas como se creía anteriormente. Poseen una región central, donde se localiza el ácido nucleico (una sola molécula de ADN), una región periférica que contiene las membranas tilacoidales y varias inclusiones o estructura citoplasmáticas, rodeada frecuentemente por una capa de mucílago. Dicha capa no está presente entre las células que forman el tricoma. La pared celular contiene peptidoglucano y la estructura y composición características de las bacterias Gram negativas. En el citoplasma se encuentran las inclusiones (gránulos de polifosfato, glucógeno y cinanoficina), los carboxisomas o cuerpos poliédricos, donde está la RBP-carboxilasa (RuBisCO, la principal enzima responsable de la fijación fotosintética de dióxido de carbono) y ribosomas 70S.
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